Frubin v dětství používal jména František. Původně byl pokřtěn votickým farářem Janem Santarem v kostele sv. Martina ve Vrcholových Janovicích jako Jan František de Paula dne 17. prosince 1752. Zvolené jméno pro chlapce ukazuje vzdělanost i hlubokou zbožnost jeho rodičů, kteří jistě měli povědomí o církevním řádu paulánů. Jak je možné zjistit z matriky narozených z let 1749-1788 (na s. 75 a 76), vedené tehdy ve Voticích, která je dostupná na internetu z fondů Státního oblastního archivu v Praze, otcem malého Jana Františka byl Pavel Petr Frubin, purkrabí votického a janovického panství. Otec i matka chlapce náleželi ke svobodným obyvatelům. Mezi kmotry lze najít hejtmana panství smilkovského Jana Reitmayera s manželkou nebo správce miličínského panství Dominika Urbana.
Na základní školu chodil František nejspíše ve Voticích nebo možná i k piaristům do benešovské koleje. Z této doby se však záznamy o žácích benešovské piaristické elementární školy nedochovaly. Známe jen zápisy o žácích a studentech gymnázia v tzv. Liber calculorum, jejíž vedení bylo úředně nařízeno od poloviny 18. století. Zhruba o rok před ním (od 1761) navštěvoval benešovské gymnázium jeho starší bratr Karel. V prvních dvou školních letech docházky 1763-1765 ve třídách rudimentě i parvě nebyl malý František premiantem, ale byl druhým žákem. Míval vždy nejlepší prospěchový stupeň A i výborné slovní hodnocení od třídního učitele. Nejlepším se stal až ve třetí třídě gramatice ve školním roce 1765/66. Ve školním roce 1766/67 byl pak Frubin i nejlepším studentem čtvrté gymnaziální třídy - syntaxe. Ve školních letech 1767-1769 byl velmi dobrým studentem dvou nejvyšších tříd gymnázia v Benešově poetiky a rétoriky, tedy zdejšího vyššího gymnázia. V závěrečné třídě rétorice byl dokonce znovu nejlepším studentem a spolu se svým spolužákem Antonínem Ulmannem se rozhodli, že se stanou piaristy. Frubin vstoupil do řádu v Lipníku nad Bečvou 23. října 1768. Přijal řádové jméno Eustachius a S. Anna. Antonín Ulmann vstoupil do piaristického řádu 23. 10. 1768. Přijal řádové jméno Valerius a S. Gertruda (*2.2.1751 Jindřichův Hradec). Kněžská svěcení získal, ale z řádu později odešel. Slavnostní sliby oba složili v Lipníku nad Bečvou 16. září 1770.
Vstup Frubina do piaristického řádu byl nejspíše podnícen setkáním mladého studenta s některými vynikajícími piaristy. Mohl k nim patřit zejména prefekt (ředitel) benešovských škol z let 1763-1767 P. Veremundus Durych a S. Eusebio (*10.3.1731 Turnov, †8.6.1780 Lipník). Jeho bratrem byl vynikající vědec Václav Fortunatus Durych, který byl paulánem. Prefekta mohlo tedy kromě výborného prospěchu zaujmout také i Frubinovo jméno, které vztah k pavlánům rovněž navozovalo. P. Veremundus prožíval tehdy v Benešově vrcholná léta své kariéry a poměrně intenzivně zasahoval do osudů zdejší piaristické koleje. Z dalších piaristů můžeme připomenout ještě pozdějšího rektora P. Isidora Kubíčka a S. Leandro (*25.10.1731 Choceň, †6.10.1797 Litomyšl), který byl v Benešově prefektem škol v posledním roce Frubinova gymnaziálního studia, nebo i P. Alfonse Střelského a S. Joanne Baptista (*3.11.1735 Mnichovice, †29.4.1809 Strážnice), který byl třídním profesorem Františka Frubina v rétorice. Rektorem benešovské koleje byl ve školním roce 1767/8 krátce P. Bruno Zich a S. Antonio (*5.12.1717 Litomyšl, †29.6.1785 Lipník). Ten spolu s prefektem škol P. Isidorem i třídním učitelem P. Alfonsem udělil Frubinovi na závěr studií v Benešově nejlepší kalkul A.
Po ukončení noviciátu prošel P. Eustachius Frubin a S. Anna dalšími soukromými řádovými studii piaristů. Absolvoval studia filosofie, zejména v Kroměříži (1771-1773), teologie a církevního práva v Mikulově (1773-1776). Ve všech těchto učilištích byl žákem P. Františka Xavera Frieseho (*10.12.1741Litomyšl, † 18.6.1809 Rychnov nad Kněžnou, provinciál českomoravskoslezské piaristické provincie 1785-1803), jemuž dělal sekretáře za jeho vedení českomoravskoslezské provincie piaristů v Mikulově. Mezi tím ovšem P. Eustachius Frubin působil jako pedagog i na jiných řádových školách při různých piaristických kolejích v Čechách i na Moravě. Na Frieseho podnět přišel roku 1798 do Rychnova nad Kněžnou a konal zde přípravy k znovuuvedení piaristů do města po jejich čtyřleté absenci. Snažil se o obnovu zdejší koleje. Podařilo se mu to v roce 1801. Povolal sem ještě dva piaristy. Zahájil výuku na normální (hlavní) škole. Stal se jejím ředitelem a zároveň rektorem koleje. Plánoval též obnovení legální gymnaziální výuky v tomto místě. Připravil nejspíše také další materiály pro psaní rychnovské piaristické kroniky.
Frubínovy zásluhy o obnovení piaristické koleje byly skutečně veliké. Proto ho můžeme řadit mezi piaristy, kteří měli význam nejen pro východní Čechy, ale pro rozvoj piaristického řádu v celé tehdejší českomoravskoslezské piaristické provincii vůbec.
Václav Bartůšek
